W 2009 roku Szpital Babińskiego świętował uroczyście jubileusz 90-lecia pracy.
Obchody jubileuszowe trwały od grudnia 2008 do grudnia 2009 roku.
Rozpoczęła je 10 grudnia 2008 roku uroczysta sesja naukowa zorganizowana w siedzibie Towarzystwa Lekarskiego Krakowskiego.
20 i 21 marca 2009 roku Szpital wspólnie z Krakowską Szkołą Lacanowską zorganizował konferencję Psychoza w świetle psychoanalizy lacanowskiej.
6 czerwca w sali teatru Szpitala miała miejsce VI konferencja dotycząca specyfiki rozumienia i leczenia pacjentów z zaburzeniami osobowości pt. Perwersje - zorganizowana przez Oddział Leczenia Zaburzeń Osobowości i Nerwic Szpitala Babińskiego oraz Fundację im. B. Winida na Rzecz Rozwoju Psychoterapii Psychoanalitycznej.
25 września odbyła się międzynarodowa konferencja polsko-holenderska Rozwój organizacji opieki psychiatrycznej. 10 lat partnerstwa. Szpital Babińskiego, Kraków – GGZ-Drenthe, Assen.
W ramach roku jubileuszowego Szpital zorganizował także szereg przedsięwzięć kulturalnych. 12 marca odbyło się przedstawienie Teatru Radwanek Fundacji Anny Dymnej Mimo wszystko z udziałem aktorki. 9 czerwca miała miejsce impreza literacko-poetycka Południk Literacki - III Festiwal Sztuki Osób Chorujących Psychicznie w ramach projektu dotowanego przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Od 6 czerwca do 20 sierpnia w Pałacyku Sokół w Skawinie czynna była wystawa 90 lat Miasta–Ogrodu – Szpital Babińskiego w obiektywie (stare i współczesne fotografie) w ramach projektu dotowanego przez Starostwo Powiatowe. 9 października pacjenci i pracownicy świętowali Światowy Dzień Zdrowia Psychicznego obchodzony pod hasłem: “Zdrowie psychiczne w podstawowej opiece zdrowotnej: udział w leczeniu i promocji zdrowia psychicznego” “Zdrowie psychiczne w podstawowej opiece zdrowotnej:udział w leczeniu i promocji zdrowia psychicznego” W programie uroczystości znalazły się m.in.: pokaz filmu o malarce z nurtu art-brut Marii Wnęk, kolaż literacko-muzyczny przygotowany przez pacjentów, koncert organowy oraz pokaz multimedialny z fragmentami tekstów Ojca Świętego Jana Pawła II - dotyczącymi chorych.
Najistotniejsze dla roku jubileuszowego wydarzenia miały miejsce w dniach 2 – 4 grudnia. Uroczystości rozpoczęły się 2 grudnia na terenie Szpitala o godz. 12.00 mszą świętą celebrowaną przez Kardynała Stanisława Dziwisza. Po mszy Ksiądz Kardynał dokonał odsłonięcia i poświęcenia tablicy upamiętniającej ocalenie jedynej pacjentki Szpitala spośród 566 chorych zamordowanych przez hitlerowców 23 czerwca 1942 roku. Następnie w sali teatru Szpitala odbyły się uroczystości, w których uczestniczyli: Członek Zarządu Województwa Małopolskiego Wojciech Kozak, przedstawiciele szpitali, przychodni i poradni zajmujących się leczeniem psychiatrycznym z całej Polski, przyjaciele Szpitala, wreszcie pacjenci i personel.
W dniach 3 – 4 grudnia 2009. w Międzynarodowym Centrum Kultury w Krakowie odbyła się I Konferencja Naukowa Szpitala Babińskiego. Kierunki rozwoju... . 90 lat pracy Szpitala.
Jej celem było zaprezentowanie najnowszych kierunków rozwoju psychiatrii. Konferencja miała charakter innowacyjny – znani w środowisku wykładowcy przygotowali specjalnie na tę okazję swoje wykłady na „gorące tematy”. W ocenie uczestników było to jedno z ciekawszych wydarzeń naukowych w świecie psychiatrii. Mamy nadzieję, iż tradycja organizowania konferencji naukowych Szpitala Babińskiego rozwinie się w kolejnych latach, nasza konferencja wpisze się jako cykliczny element rozwoju nauki i psychiatrii, a Kraków stanie się stałym miejscem spotkań i wymiany doświadczeń lekarzy z Polski i zagranicy.
Konferencji towarzyszyła wystawa prezentująca kolekcję zdjęć Szpitala Babińskiego z początku XX wieku, wspaniałą koncepcję urbanistyczną i nowatorstwo modelu ówczesnej psychiatrii oraz zdjęć współczesnych oddających atmosferę parku i ogrodu przez pryzmat czterech pór roku.